奇亚籽含有蛋白质、亚麻酸、膳食纤维等物质，作为营养食品，适合加在各种饮料中。长期吃奇亚籽有一定的副作用，一般和摄入量的多少有关，所以在吃的时候需要控制好摄入量，尽量避免一次性摄入过多，否则有可能会出现腹胀、腹泻、营养不全等副作用。
1、腹胀：奇亚籽当中含有脂肪、蛋白质，长期吃奇亚籽，会使上述大分子物质在肠道内聚积过多，使肠胃道无法完全吸收和分解，而蛋白质被胃酸不断分解，会形成大量气体，容易引起腹胀；
2、腹泻：奇亚籽富含膳食纤维，可以促进肠道蠕动，从而有利于排便。但肠道功能较差的人群，在长期吃奇亚籽后，反而会因为所富含的膳食纤维过度促进胃肠蠕动，从而造成腹泻；
3、营养不全：奇亚籽遇水膨胀，具有较强的饱腹感，长期吃奇亚籽，可能影响正餐的摄入量，使人体在正餐中摄入的其他营养物质减少，不利于补充更全面的营养。